当初，广州人背叛刺史郭讷，迎接长沙人王机为刺史，王机担心自己是窃据的广州，担心王敦讨伐，就向王敦乞求改任到交州。恰逢交州刺史顾秘去世，州里的人们本想让顾秘的儿子顾寿代理州政事物，结果梁硕起兵攻打顾寿，把他杀了，然后就控制了交州。王敦想利用王机的力量来讨伐梁硕，就同意了。
王机收降了杜弘后，来到郁林，梁硕把前刺史的儿子接来担任交州刺史，以抗拒王机，王机进不了交州，就与杜弘、温邵、刘沈等人商量后再回去占据广州。
新任命的广州刺史陶侃到达始兴，州里的人都劝说他应当先观察形势，不能轻率前进，陶侃不听，直接到达广州，但广州所辖的郡县都已经归顺了王机。
杜弘派遣使者假装投降，陶侃知道了他的阴谋，攻打杜弘，把他打败了，抓获了刘沈，又派许高讨伐王机，赶跑了王机，王机在逃跑的路上病死，许高挖出他的尸首砍下首级。
部将们都请求乘胜去攻打温邵，陶侃笑着说：“我已经显示了威名，还用得着派兵吗？只需要一封信函自然就平定了。”然后就给温邵写了封信，温邵因恐惧而逃跑，陶侃的军队在始兴追上并抓获了他，杜弘见大势已去只得投降了王敦，于是广州平定。
此时的陶侃已经是快六十岁的人了，在古人来说，已经是非常高寿了，他还是非常的自律。他每天闲置在广州没有什么事情可做，就清晨把一百块砖搬到屋外，黄昏时又搬回到屋里。身边的人很奇怪，问他其中的缘故，陶侃回答说：“我正致力于收复中原，现在的生活过于悠闲安逸，我担心到时候不能承担工作，所以自己活动活动罢了。”这就是成语“陶侃运甓”的由来。
王敦之乱爆发的时候，陶侃已经六十三岁了，他打败了因为凶残暴虐失去人心的梁硕，于是晋明帝下诏让陶侃兼任交州刺史。
王敦之乱平定后，司马绍为了避免重蹈覆辙，一方面重用庾亮、郗鉴等人制约王导的权力，同时提拔江东士族搞平衡，另一方面改授荆、湘等四州职务，使他们互相牵制，于是任命陶侃为征西大将军，都督荆、湘、雍、梁四州军事，其他职务如故，荆州的男女百姓听到这个消息后都交相庆贺。
陶侃恭敬勤奋，整日里盘膝正襟危坐，对军中诸多事物检视督察，无一遗漏，没有一刻闲暇。他常常对人说：“大禹这样的圣人，尚且珍惜每寸光阴，至于一般人，更是应当珍惜每分光阴。怎么能只求安逸沉醉，活着的时候对时世毫无贡献，死后也默默无闻，这是在自暴自弃！”
众多幕僚有的因喝酒谈笑及游戏荒废政务，陶侃命人收取他们的酒具和赌博用具，全部丢进江中，对将吏们加以鞭责，说：“摴蒱赌博这种游戏不过是放猪的奴仆们玩的！老子、庄子华而不实，不是先王可以做典范的言论，不利于实用。君子应当威仪整肃，怎么能蓬头、光脚来培养声望还自称豁达呢！”
如果有人馈赠他礼物，陶侃一定要询问来路，如果是靠自己的劳作所得，即使价值微薄也喜欢，还赠的物品超出三倍。如果不是正道，就严词厉色加以呵斥，拒绝不受。
有一次陶侃出游，路上看见有人拿着一把没成熟的稻子，陶侃问：“你拿着稻子干什么？”那人答道：“走路时看到，随便摘下来而已。”
陶侃勃然大怒，说：“你既然不亲自劳作，却随便毁坏他人的稻子拿来玩！”随即抓住此人鞭打，因此当地百姓辛勤耕作，家资不缺，人人丰足。
陶侃造船的时候，剩下的木屑和竹头，都令人登记并且管理，大家都不明白有什么作用。后来元旦朝会的时候，正逢积雪后开始放晴，厅堂前面残留的积雪仍然潮湿，于是陶侃命令手下将木屑铺洒在地上防滑。后来等到桓温攻伐蜀地的时候，又用陶侃所贮存的竹头做隼钉装配船只，陶侃处理事务的仔细和缜密，一向如此。
当初，在王导辅政的时候，因为为人处世宽和所以赢得人心，等到晋成帝即位后庾亮主持朝政时，他一反王导的宽和，依法断事，群臣们都是宽松惯了的，自然受不了，因此颇失人心。
祖逖去世后，祖家军由弟弟祖约带领，他自认为名望和资历都不比郗鉴、卞壶差，却没有被选成遗命大臣，于是心中颇为不满，等到晋明帝遗诏褒奖和提拔大臣时，又没有祖约和陶侃，二人都怀疑是庾亮把自己的名字删除了，心存芥蒂。
历阳内史苏峻，本来不是大族，以单家的身份在纷乱之际聚集众人归顺朝廷，在平定王敦之乱中立下大功，威望日益显赫，开始有了骄纵之心，轻视朝廷。他招纳了很多亡命之徒，都靠国家供给生活物资，陆运、水运络绎不绝，稍不如意，就肆无忌惮地怒骂。
庾亮即怀疑苏峻、祖约的忠诚，又害怕陶侃的深得人心，于是任命温峤都督江州诸军事，镇守武昌，又修石头城防备他们。
刘遐因平定王敦之乱有功，被封为泉陵公，他死后，朝廷任命车骑大将军郗鉴兼任徐州刺史，郭默统领刘遐的部众。
刘遐的儿子刘肇年龄还小，刘遐的妹夫田防及部将史迭等人不愿意归属他人，共同决定让刘肇继承刘遐的位置，而后反叛。
刘遐的妻子是邵续的女儿，邵续曾坚守东晋在北方的孤城富平一年多，后被后赵的石虎所杀害，刘遐的妻子是巾帼英雄，她骁勇果敢，颇有乃父遗风。刘遐曾经被后赵围困，幸亏妻子一人带领数骑，从万众之中把他救出。这次田防等人打算作乱，刘遐妻子制止他们，他们不听，于是她暗地里点火，把铠甲武器全都烧光，临淮太守刘矫趁机偷袭，杀死了田防等人，晋成帝司马衍便下诏让刘肇继承了刘遐的爵位。